纯净水设备在日常使用中也要养成定期消毒和维护设备的习惯，尤其是夏季使设备一直保持一个好的状态，才能保证设备生产出合格的水质。如果不定时清洗消毒最容易繁殖细菌，导致设备出水水质不合格。纯净水设备消毒方法如下所示：
一种是化学消毒法：常见的是冷冻和加热法，通过温度的极冷或极热控制将细菌或病毒杀灭，另外还可以通过紫外线或微波进行消毒。
一种是物理消毒法。常见的是指通过杀生剂对细菌或病毒进行有效的处理。对纯净水设备进行消毒，常常采用氯消毒法，这种方法是通过次氯酸的杀菌作用实现的。